Do vị trí cô lập này nên vào thời các Chúa Nguyễn và triều Nguyễn, Bình Ðại không cùng thuộc một địa giới hành chính với các huyện khác trong tỉnh Bến Tre.

Năm 1779, vùng đất Bình Đại thuộc địa phận tổng Kiến Hòa, huyện Kiến Khương, dinh Phiên Trấn. Về sau, dinh Phiên Trấn đổi thành dinh Trấn Định, huyện Kiến Khương đổi thành Kiến An, tổng Kiến Hòa được nâng lên thành huyện; phần đất Bình Đại trở thành tổng Hòa Bình của huyện Kiến Hòa.

Năm 1831, vua Minh Mạng tách huyện Kiến Hòa ra thành hai huyện là Kiến Hòa và Tân Hòa. Huyện Kiến Hòa mới thành lập có 5 tổng, 162 thôn. Sau năm 1832, huyện Kiến Hòa thuộc tỉnh Định Tường, phần đất Bình Đại nằm trong địa giới hai tổng Hòa Hằng và Hòa Thinh. Dưới triều vua Tự Đức, tổng Hòa Hằng đổi tên là tổng Hòa Quới, vẫn thuộc huyện Kiến Hòa, tỉnh Định Tường.

Ngày 1 tháng 1 năm 1900, tỉnh Mỹ Tho được thành lập, hai tổng Hòa Quới, Hòa Thinh thuộc tỉnh này. Năm 1902, địa giới huyện Bình Đại hôm nay nằm trọn vẹn trong tổng Hòa Thinh và một phần tổng Hòa Quới, thuộc tỉnh Mỹ Tho. Những năm 30 của thế kỷ XX, Pháp lập quận An Hóa thuộc tỉnh Mỹ Tho, bao gồm đất của hai tổng Hòa Quới, Hòa Thinh và một phần tổng Thuận Trị, nghĩa là toàn bộ cù lao An Hóa. Ban đầu, quận lỵ đặt tại chợ An Hóa, sau dời về chợ Bà Khoai thuộc xã Bình Đại.

Sau năm 1950, quận An Hóa được đổi thành quận Bình Đại, vẫn thuộc tỉnh Mỹ Tho.

Ngày 28 tháng 6 năm 1956, quận Bình Đại được tách ra khỏi tỉnh Mỹ Tho để nhập về tỉnh Bến Tre. Ngày 22 tháng 10 năm 1956, tỉnh Bến Tre đổi thành tỉnh Kiến Hòa, quận Bình Đại lúc này bao gồm 13 xã: Bình Đại, Châu Hưng, Long Phụng, Long Thạnh, Lộc Thuận, Phú Thuận, Phước Thuận, Tân Phú, Thành Tân, Thới Thuận, Thới Vinh, Thừa Đức, Vang Quới.

Sau ngày 30 tháng 4 năm 1975, Bình Đại trở thành huyện của tỉnh Bến Tre, gồm thị trấn Bình Đại và 9 xã: Bình Đại, Bình Yên, Định Hòa, Lộc Thuận, Tân Phú Trung, Thạnh Phước, Thới Thuận, Thừa Đức, Vinh Thới.

Từ năm 1976 đến nay

Ngày 3 tháng 4 năm 1979, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 141-CP về việc điều chỉnh địa giới một số xã thuộc tỉnh Bến Tre:

• Chia xã Bình Đại thành ba xã lấy tên là xã Thạnh Trị, xã Đại Hòa Lộc và xã Bình Thới
• Chia thị trấn Bình Đại thành hai đơn vị hành chính lấy tên là xã Bình Thắng và thị trấn Bình Đại
• Chia xã Tân Phú Trung thành hai xã lấy tên là xã Phú Long và xã Định Trung
• Chia xã Lộc Thuận thành hai xã lấy tên là xã Phú Vang và xã Lộc Thuận
• Chia xã Vinh Thới thành hai xã lấy tên là xã Thới Lai và xã Vang Quới
• Chia xã Bình Yên thành hai xã lấy tên là xã Châu Hưng và xã Phú Thuận
• Thành lập ở cù lao Cồn Tàu một xã mới lấy tên là xã Tam Hiệp.

Ngày 14 tháng 3 năm 1984, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định số 41-HĐBT phân vạch địa giới xã, thị trấn, thị xã thuộc tỉnh Bến Tre:

• Chia xã Định Hòa thành hai xã lấy tên là xã Long Định và xã Long Hòa
• Chia xã Vang Quới thành hai xã lấy tên là xã Vang Quới Đông và xã Vang Quới Tây.

Cuối năm 2004, huyện bao gồm thị trấn Bình Đại và 19 xã: Tam Hiệp, Long Định, Long Hòa, Phú Thuận, Châu Hưng, Vang Quới Tây, Vang Quới Đông, Thới Lai, Phú Vang, Lộc Thuận, Định Trung, Phú Long, Bình Thới, Thạnh Trị, Đại Hòa Lộc, Bình Thắng, Thạnh Phước, Thừa Đức, Thới Thuận.

Ngày 20 tháng 1 năm 2016, Bộ Xây dựng quyết định công nhận thị trấn Bình Đại mở rộng đạt chuẩn đô thị loại IV.